Antara tahun 1991-1996 beliau menjadi ahli politik tetapi terus juga berlakon. Antaranya ialah filem Khudai (1994). Beliau mewakili parti Kongres Kebangsaan India bagi kawasan New Delhi. Dalam pilihan raya kecil 1992, beliau menang bertanding dan mengekalkannya sehingga tahun 1996. Dalam Pilihan raya Punjab 2012 beliau turut berkempen di sana.[1]

Lal Krishna Advani, pemimpin sayap kanan Parti Bharatiya Janata menyifatkan kehadiran Rajesh Khanna dalam politik memberi saingan sengit kepada Rajiv Gandhi ketika itu.[2]

Khanna dan sekumpulan pelabur asing membeli tanah di Shirdi bagi tujuan membina sebuah resort agama untuk murid-murid Sai Baba Shirdi .